القصة عن سمكتين (من نوع كلون أو المهرج) تعيشان في المحيط الهادئ وبعد وضع الأنثى للبيوض تهاجم من قبل سمكة البينارا فتموت ويرعى الأب "مرهف" البيضة الوحيدة المتبقية ويسميها "نيمو" بناء لرغبة الأم "مرجانة". يحاول "مرهف" حماية ابنه من الخطر بهوس زائد عن الحد فيتمرد نيمو ويذهب ناحية قارب لقوم بتبين شجاعتة لأبوه ويقع في يد غواص ياخذه إلى أستراليا في سيدنى فيبدأ مرهف رحلة عبر المحيط لإيجاده مع سمكة تعاني من فقدان ذاكرة مؤقت! اسمها "دوري" في حين يحاول الابن الخروج من حوض الأسماك الذي وضعه فيه دكتور أسنان وبمساعدة بعض الأصدقاء لنيمو في الخروج من الحوض وبالفعل ينجحو ويعود الابن لأبوه.
يناقش الفيلم قضية هوس الحماية المفرطة (over protective) التي قد يضعها الاباء على الأبناء في سبيل حمايتهم وكيف تؤدى الحماية المفرطة إلى نتيجة مختلفة تماما عما هو متوقع.